Ăn thực phẩm tươi sống như sashimi có thể bị bệnh đường máu do vi khuẩn và ký sinh trùng gây ra, như tuyến trùng Anisakis simplex (Pseudoterranova decipiens) chẳng hạn.[2] Hơn nữa, làm cá nóc không đúng cách có thể còn chứa chất độc Tetrodotoxin, một chất độc cho thần kinh mà không có thuốc giải độc.

Theo tục tuyền, cá có thời gian sinh trưởng trong nước lợ hoặc cá nước ngọt được xem là không thích hợp cho món sashimi vì khả năng chúng nhiễm ký sinh trùng. Ví dụ, cá hồi, một loài cá bơi ngược sông để đẻ trứng, thường không được ăn ngay sau khi bắt ra khỏi nước. Một nghiên cứu ở Seattle, Washington đã chỉ ra rằng tất cả cá hồi hoang dã đều nhiễm ấu trùng giun đũa có thể lây qua người trong khi cá hồi được nuôi thì không hề có ấu trùng giun.[3]

Đông đá là phương pháp thường dùng để diệt ký sinh trùng. Theo quy định của Liên hiệp châu Âu,[4] cho cá đông đá ở nhiệt độ -20 °C (-4 °F) trong 24 giờ sẽ diệt được ký sinh trùng. Cơ quan quản lý Thực phẩm và Dược phẩm Hoa Kỳ (FDA) khuyến cáo đông đá ở nhiệt độ -35 °C (-31 °F) trong 15 giờ, hoặc -20 °C (-4 °F) trong 7 ngày.[5]

Trong khi đó Canada không có quy định về đông đá thực phẩm,[cần dẫn nguồn] British Columbia và Alberta tình nguyện tuân theo hướng dẫn tương tự của FDA.[cần dẫn nguồn] Ontario cũng cố gắng đưa ra quy định về đông đá trong phần yêu cầu quản lý thực phẩm tươi sống nhưng không lâu sau lại phải rút lại quyết định này do gặp sự phản đối của ngành ngư nghiệp cho rằng hương vị tinh tế và các đường vân trên thịt cá tươi sống sẽ bị ảnh hưởng khi đông đá.[cần dẫn nguồn] Thay vào đó, Ontario quyết định xem xét các quy định về bảo quản cá tươi sống trước khi ăn.[6]

Một số loại cá dùng cho món sashimi được xử lý bằng carbon monoxit để giữ cho thịt cá được đỏ tươi lâu hơn. Cách này có thể làm cho cá ươn nhìn có vẻ tươi hơn.[7][8]